De film speelt zich af in de toekomst, enkele generaties na het bewind van Caesar. In deze tijd zijn de apen de dominante soort die in harmonie samenleeft en zijn het de mensen die een leven in de schaduw leiden. Terwijl een nieuwe, tirannieke apenleider zijn imperium opbouwt, maakt een jonge aap een aangrijpende reis die er voor zorgt dat hij alles wat hij heeft geleerd over het verleden in twijfel trekt. De keuzes die hij maakt zal de toekomst voor zowel apen als mensen bepalen.