De oorlog reduceerde Japan tot nul. Godzilla stortte het land vervolgens in de min. Er zijn sindsdien twee jaar verstreken, waarin het land een pijnlijke strijd heeft gevoerd om te herstellen en uiteindelijk het dagelijks leven weer op te pakken. Net wanneer de mensheid zich heeft weten vast te klampen aan een zwaarbevochten vrede, slaat een nieuwe dreiging toe en verplettert in één ogenblik alle hoop. Er komt geen derde keer.