In het hart van de Zwitserse Alpen, geniet de levendige, achtjarige Heidi van haar zorgeloze leven met haar norse maar liefdevolle grootvader, omringd door groene weiden en hoge bergen. Wanneer Heidi een gewonde lynxwelp redt uit een val die is gezet door de sluwe industrieel meneer Schnaittinger, noemt ze hem Pepper en verzorgt ze hem in het geheim tot hij weer hersteld is. Maar wanneer de speelse streken van het welpje ongewenste aandacht trekken, ontdekt Heidi dat Schnaittingers plannen voor een verwoestende zaagmolen niet alleen Pepper, maar het hele berg-ecosysteem bedreigen. Samen met haar trouwe vriend Peter en de altijd loyale Sint-Bernard, Joseph, begint Heidi aan een gedurfde nachtelijke tocht om Pepper terug te brengen naar zijn familie in het wild voordat het te laat is. Onderweg, wordt ze geconfronteerd met de gevaren van de natuur, de verleiding van menselijke hebzucht, en de kracht van ware vriendschap.